北京协和医学院的八年制临床医学专业的招生计划纳入清华大学的总招生计划之中，由两校共同完成招生录取工作。该专业采用清华大学的招生代码，录取原则与清华大学的录取原则相同。
护理本、专科的录取工作由北京协和医学院单独完成，护理本科是本科第一批。学生在思想政治品德考核和身体健康状况检查合格，统考成绩达到各省、市、自治区同批录取控制线的情况下，按招生计划的110%以内调阅学生档案。对符合提档要求的学生，采取从高分到低分的顺序录取。我校承认教育部加分，在高考实际成绩总分相当的情况下，优先录取政策上同等优先和相关科目分数高的学生。如果第一志愿未录取满，可录取第二、三志愿的考生，志愿之间不设分数级差。
对艺术类招生的录取办法
加分政策
临床医学专业纳入清华大学招生，加分政策与清华大学的政策相同。
护理本、专科的录取工作由北京协和医学院完成。学校承认教育部加分，按高分到低分排列录取。
对少数民族考生的特殊政策
对往届生的录取政策
均可录取往届生源。
转专业的实施办法
临床医学专业的同学大一、大二阶段在清华大学学习，可以参加清华大学的转专业。大三下学期回到协和校本部后，将不能再转专业。
护理学的同学不能转专业。
其它
北京协和医学院招生录取工作在教育部领导下，在各省（自治区、直辖市）招生委员会统一组织下进行，执行教育部规定的“学校负责、招办监督”的录取体制。
学校招生工作坚持公平竞争、公正选拔的原则，采取德智体全面考核、综合评价、择优录取新生的方式。
根据教育部、卫生部签署的清华大学与我校紧密合作办学协议，以及两校关于落实两部协议的实施意见，自2003年起（八年制）临床医学专业的招生计划纳入清华大学的总招生计划之中，由两校共同完成招生录取工作。该专业的录取原则与清华大学录取原则相同。
护理本、专科的录取工作由北京协和医学院自行完成，学生在思想政治品德考核和身体健康状况检查合格,统考成绩达到各省、市、自治区同批录取控制线的情况下，按招生计划的110%以内调阅学生档案。对符合提档要求的学生，采取从高分到低分的顺序录取。我校承认教育部加分，在高考实际成绩总分相当的情况下，优先录取政策上同等优先和相关科目分数高的学生。如果第一志愿未录取满，可录取第二、三志愿的考生，志愿之间不设分数级差。
护理专业实行男、女兼收。外语语种最好为英语。护理本科只招理科高中毕业生，护理专科可招文、理科高中毕业生。
对护理专科学生的专升本情况，按当年国家有关政策和我校的相关规定执行。
按照《普通高等学校招生体检工作指导意见》，除患有学校可以不予录取的疾病外，有下列情况之一者，不能被医学类各专业录取：色弱、色盲及其他各类不能准确识别颜色者。
有下列情况之一者，不宜就读医学类各专业：任何一眼矫正到4.8镜片度数大于800度者；一眼失明另一眼矫正到4.8镜片度数大于400度者；两耳听力均在3米以内，或一耳听力在5米另一耳全聋者；斜视、嗅觉迟钝、口吃者；对化学物品有过敏反应者。
凡发现提供高考录取材料有弄虚作假者，学校将取消其入学资格和学籍，退回户口所在地。
