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华中农业大学作为国家教育部直属大学，有作物遗传育种、果树学、微生物学、生物化学与分子生物学、水产养殖、动物遗传育种与繁殖等6个国家级重点学科，有园林植物与观赏园艺、生物化学与分子生物学、动物遗传育种与繁殖、农产品加工及贮藏工程等4个部级重点学科，农业经济管理、园林植物与观赏园艺、蔬菜学、作物栽培与耕作学、预防兽医学、农业昆虫与害虫防治、植物营养学、水产养殖等14个省级重点学科，产业经济学、森林培育、企业管理、食品科学、发酵工程、基础兽医学等6个校级重点学科等。
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